Młody wavemaster znany jedynie pod pseudonimem Tsukasa budzi się w grze MMORPG zwanej The World, cierpiąc na częściową amnezję — nie pamięta, co robił, zanim się ocknął. Co gorsza, nie potrafi się wylogować i pozostaje uwięziony w wirtualnym świecie.

Podejrzewany przez Karmazynowych Rycerzy o bycie hakerem, Tsukasa próbuje rozwikłać zagadkę swojego położenia. .hack//SIGN to nastrojowa, refleksyjna opowieść science fiction rozgrywająca się niemal w całości wewnątrz gry sieciowej, w której tajemnica, samotność i tożsamość splatają się w powolną, medytacyjną narrację.