Chizuru Yukimura wyrusza do targanego niepokojami Kioto w poszukiwaniu zaginionego ojca, lecz przypadkiem staje się świadkiem wydarzeń, których nie powinna była zobaczyć. Pod opiekę bierze ją słynny oddział Shinsengumi, a dziewczyna stopniowo odkrywa mroczny sekret łączący jego wojowników z nadprzyrodzoną mocą.

Hakuoki to historyczny dramat z elementami nadprzyrodzonymi, osadzony w schyłkowym okresie epoki Edo. Splot autentycznych postaci i wydarzeń z motywem demonicznej przemiany nadaje opowieści melancholijnego, tragicznego wydźwięku, w którym lojalność i honor zderzają się z nieuchronnym końcem pewnej epoki.