Po tym, jak Takumi Fujiwara zasłynął jako niepokonany kierowca zjazdów na górze Akina, na jego drodze staje coraz więcej ambitnych rywali. Za kierownicą wysłużonej Toyoty AE86, którą od lat rozwoził tofu, chłopak wciąż nie do końca zdaje sobie sprawę z własnego talentu.

Tym razem musi zmierzyć się z groźnym zespołem Emperor i jego niemal niepokonanymi bolidami Lancer Evolution. Initial D Second Stage to pełna emocji kontynuacja kultowej serii o górskich wyścigach, w której zacięte pojedynki na zjazdach splatają się z dojrzewaniem bohatera i jego rosnącą pasją do jazdy.