Jotaro Kujo odkrywa, że tajemnicza siła zwana Standem łączy go z dziedzictwem rodu Joestarów. Gdy jego matka zapada na śmiertelną chorobę, wyrusza wraz z grupą sprzymierzeńców w podróż prowadzącą do odwiecznego wroga rodziny.

Stardust Crusaders rozwija serię w formie pełnej niezwykłych pojedynków wyprawy, gdzie o wyniku starć częściej decydują pomysłowość i znajomość zdolności przeciwnika niż sama siła.