Jolyne i jej sprzymierzeńcy kontynuują walkę w więzieniu Green Dolphin Street, próbując odzyskać wspomnienia oraz Stand Jotaro. Trop prowadzi do kolejnych użytkowników Standów działających na rzecz Pucciego i jego planu związanego z dziedzictwem Dio.

Druga część STONE OCEAN bezpośrednio rozwija wydarzenia pierwszej partii. Zwiększa skalę konfliktu i przybliża bohaterów do konfrontacji, która wykracza poza mury więzienia.