Sawako Kuronuma i Shota Kazehaya są sobie coraz bliżsi, lecz niepewność oraz błędnie odczytane intencje utrudniają im szczere wyrażenie uczuć. Nowy semestr i pojawienie się Kento Miury dodatkowo komplikują relację, którą oboje próbują zrozumieć.

Drugi sezon Kimi ni Todoke bezpośrednio kontynuuje romantyczną historię Sawako. Skupia się na komunikacji, dojrzewaniu i odwadze potrzebnej do przełamania emocjonalnego dystansu.