Na kolonii Eden trwa rywalizacja dwóch prototypowych myśliwców, które mają wyznaczyć przyszłość programu Super Nova. Pilotami maszyn zostają dawni przyjaciele Isamu Dyson i Guld Bowman, a ich zawodowy konflikt odżywia niewyjaśniona przeszłość związana z Myung Fang Lone. W tle popularność zdobywa wirtualna idolka Sharon Apple, której technologia zaczyna wymykać się spod kontroli. Macross Plus łączy lotniczy realizm, muzykę i dojrzały dramat o ambicji, zazdrości oraz pamięci.