W kraju Gazth-Sonika szaleje wojna domowa, a najemniczka o pseudonimie Madlax wykonuje swoje zabójcze zlecenia z niemal nadludzką precyzją. Tymczasem w pozornie spokojnym Nafrece młoda Margaret Burton wiedzie ciche, beztroskie życie.

Choć losy obu kobiet zdają się zupełnie odrębne, łączy je tajemnica oraz święta księga, której poszukuje mroczna organizacja Anfan. W miarę jak Margaret i Madlax podążają ścieżką przeznaczenia, coraz bardziej zbliżają się do prawdy. Madlax studia Bee Train to sensacyjny, psychologiczny thriller o tożsamości i splocie ludzkich przeznaczeń.