Nanoha Takamachi to zwyczajna trzecioklasistka, której życie zmienia się, gdy odnajduje ranną, mówiącą telepatycznie fretkę. Zwierzę okazuje się Yuunem — młodym magiem i archeologiem z innego świata, który przypadkiem rozproszył po Ziemi niebezpieczne Klejnotowe Nasiona (Jewel Seeds).

Zbyt osłabiony, by samodzielnie je zebrać, Yuuno przekazuje Nanoi czerwony klejnot Raising Heart, dzięki któremu dziewczynka może przemieniać się i władać magią. Tak rozpoczyna się historia jednej z najbardziej cenionych magical girl — łączącej ciepło codziennych relacji z widowiskowymi, niemal bojowymi pojedynkami czarów.