Masamune Makabe i Aki Adagaki wyjeżdżają ze szkolną grupą do Paryża, gdzie spotkanie z francuską autorką mangi komplikuje ich plan zemsty oraz wzajemne uczucia. Po powrocie na jaw wychodzą kolejne elementy wspólnej przeszłości bohaterów.

Masamune-kun’s Revenge R jest bezpośrednią kontynuacją pierwszego sezonu. Rozwija romantyczny konflikt, wyjaśnia dawne nieporozumienia i prowadzi bohaterów do trudniejszych decyzji.