W roku UC 0093 Char Aznable powraca na czele Neo Zeonu i rozpoczyna plan, który ma wymusić ostateczne rozstrzygnięcie losów Ziemi. Gdy do akcji wkracza jednostka Londo Bell, Amuro Ray ponownie staje naprzeciw dawnego rywala, a ich osobisty konflikt splata się z walką o przyszłość całej ludzkości.

Film domyka jeden z najważniejszych wątków klasycznej sagi Gundam, łącząc widowiskowe starcia mobilnych pancerzy z politycznym napięciem i pytaniami o cenę wojny. Ostatnia konfrontacja Amuro i Chara prowadzi ku dramatycznej operacji wokół asteroidy Axis.