Dwa lata po zakończeniu poprzedniej wojny pokój między PLANT a Ziemią znów staje się kruchy. Shinn Asuka, pilot nowego Impulse Gundama, walczy u boku Athruna Zali, podczas gdy kradzież zaawansowanych maszyn i kolejne prowokacje prowadzą świat ku nowemu konfliktowi.

Kontynuacja Gundam SEED zestawia doświadczenia Shinna z wyborami Kiry, Athruna i Cagalli. Polityczna manipulacja, propaganda oraz osobiste pragnienie zemsty komplikują podział na sojuszników i wrogów, a losy młodych pilotów pokazują, jak łatwo idea ochrony innych może zostać wykorzystana przez ludzi dążących do władzy.