Po wojnie z Titans załoga Argamy nie ma czasu na odpoczynek. Neo Zeon pod wodzą Haman Karn rozpoczyna ofensywę, a młody Judau Ashta przypadkiem trafia w sam środek konfliktu. Spryt ulicznika i troska o przyjaciół szybko czynią z niego pilota nowego Gundama.

Seria łączy początkowo lżejszy ton z coraz poważniejszym obrazem wojny. Judau i jego rówieśnicy uczą się odpowiedzialności, gdy polityczne ambicje dorosłych zamieniają kolonie w pole bitwy. Historia rozwija losy załogi Zeta Gundam i prowadzi uniwersum UC ku kolejnemu starciu z Neo Zeon.