Miharu Rokujo to apatyczny nastolatek, który pragnie jedynie świętego spokoju, dopóki nie odkrywa, że w jego wnętrzu drzemie Shinra Banshou, potężna, zakazana wiedza pożądana przez wszystkie klany ninja ukrytego świata. Wbrew sobie zostaje wciągnięty w ich krwawe intrygi, stając się celem zarówno wrogów, jak i rzekomych sojuszników.

Nabari no Ou to akcja o współczesnych ninja, w której widowiskowe starcia splatają się z motywami przeznaczenia, zaufania i ceny posiadanej mocy. Za dynamiczną fabułą kryje się refleksyjna opowieść o bohaterze zmuszonym do wyjścia z apatii i podjęcia decyzji, które zaważą na losach całego ukrytego świata.