Blood Prison rozpoczyna się od oskarżenia Naruto o przestępstwo, którego nie popełnił, i zesłania go do pilnie strzeżonego więzienia dla ninja. Pozbawiony swobody oraz zaufania sojuszników bohater próbuje odkryć prawdziwy cel intrygi i sekrety ukryte w murach twierdzy. Film łączy tajemnicę, zdradę i walkę o odzyskanie dobrego imienia z widowiskową akcją świata shinobi.