The Lost Tower wysyła Naruto w przeszłość po zetknięciu z niezwykłą mocą ukrytą w ruinach dawnego miasta. Odcięty od swojej epoki bohater spotyka ludzi, których decyzje wpłyną na przyszłość, i zostaje wciągnięty w walkę z ambitnym przeciwnikiem. Film wykorzystuje podróż w czasie, by połączyć efektowne starcia z historią o dziedzictwie, odpowiedzialności i niewypowiedzianych rodzinnych więziach.