W feudalnej Japonii, w czasach kruchego pokoju okupionego krwią, Jubei Kibagami wędruje po kraju jako najemny ninja. Wszędzie działają rywalizujące ze sobą klany — jeden z nich, skazany na życie w mroku klan Hiruko, strzeże świętego skarbu zwanego Smoczym Kamieniem.

Wrogi klan Kimon, dążący do wskrzeszenia dawnej potęgi, rusza po ten artefakt, a Jubei wbrew sobie zostaje wciągnięty w sam środek konfliktu. Ninja Scroll: The Series to mroczna, pełna rozmachu opowieść o mieczu i intrydze, kontynuująca legendę bohatera znanego z kultowego filmu Kawajiriego.