Podczas wojny grupa wojownikow zwanych Ninku niemal doszczetnie rozbila Armie Imperialna, ostatecznie jednak sama poniosla kleske i ulegla rozproszeniu. Po wojnie imperium, dzieki propagandzie, oglosilo sie obronca ludu, a Ninku przedstawilo jako zloczyncow.

Fusuke, ktory z pozoru wyglada jak dziecko, jest w rzeczywistosci bylym kapitanem legendarnego oddzialu Ninku i wyrusza, by odnalezc dawnych towarzyszy. NINKU to energiczna opowiesc shounen laczaca sztuki walki, ninja i sporo szalonego humoru.