Yato próbuje zdobyć uznanie jako bóg, ale nierozwiązany konflikt z Bishamon ponownie zagraża jemu, Hiyori i Yukine. Dawne urazy, śmierć jej poddanych oraz działania tajemniczego sprzymierzeńca prowadzą do starcia między boskimi rodami.

Noragami Aragoto bezpośrednio kontynuuje pierwszy sezon. Rozwija historię Bishamon, przeszłość Yato i cenę więzi między bogami, ich orężem oraz ludźmi.