Saitama, Genos i pozostali bohaterowie mierzą się z narastającym zagrożeniem ze strony Stowarzyszenia Potworów. Równolegle historia Garou prowadzi go coraz dalej na drodze przeciwnika bohaterów, choć jego prawdziwe motywacje pozostają bardziej złożone.

Trzeci sezon One-Punch Man kontynuuje wątki rozpoczęte w drugiej serii. Skupia się na konflikcie bohaterów z potworami oraz przemianie Garou.