W przyszłości ludzkość rozprzestrzeniła się i skolonizowała inne planety, dopóki obca rasa zwana Victim nie zaatakowała kolonii, pozostawiając ocalałą tylko jedną planetę — Zion. Jej jedyną obroną są potężne mechy pilotowane przez wybraną garstkę kandydatów.

Wśród nich trafia energiczny Zero Enna, marzący o tym, by zostać jednym z elitarnych pilotów. Megami Kouhosei to utrzymana w konwencji science fiction opowieść mecha o dorastaniu, rywalizacji i przyjaźni, w której walka o przetrwanie ludzkości splata się z sekretami stojącymi za tajemniczymi bojowymi maszynami.