Przeszłość Maiku Kamishiro zawsze była dla niego zagadką — jedyną wskazówką co do jego rodziny jest stara fotografia przedstawiająca dwoje małych dzieci, chłopca i dziewczynkę, bawiących się przy niebieskim domu. W nadziei na odnalezienie krewnych Maiku przeprowadza się właśnie do tego domu i pracuje jako programista.

Jego spokojne życie kończy się, gdy pod drzwiami zjawiają się dwie zupełnie różne dziewczyny — Miina i Karen — z których każda może okazać się jego zaginioną bliźniaczką. Onegai Twins to ciepła komedia romantyczna o poszukiwaniu tożsamości i rodziny, w której niepewność pokrewieństwa splata się z rodzącym się uczuciem.