Podczas podróży po Archipelagu Pomarańczowym Ash, Misty i Tracey docierają na wyspę Shamouti, gdzie trwa święto związane z pradawną legendą. Ash zostaje wybrany do ceremonialnej roli i ma zdobyć skarby z wysp Moltresa, Zapdosa oraz Articuno. Z pozoru niewinna tradycja zmienia się w niebezpieczną misję, gdy ambitny kolekcjoner Lawrence III zaczyna polować na legendarne ptaki.

Schwytanie kolejnych stworzeń zaburza równowagę natury, wywołuje gwałtowne zmiany pogody i prowadzi do starcia trzech żywiołów. Z oceanu wyłania się Lugia, lecz nawet ono potrzebuje pomocy, by powstrzymać katastrofę. Ash wraz z przyjaciółmi ściga się z czasem, próbując zwrócić skarby na właściwe miejsca i udowodnić, że więź między ludźmi a Pokémonami jest ważniejsza od żądzy posiadania.