Po występie w Lidze Johto Ash postanawia rozpocząć zupełnie nową podróż — tym razem samotnie, w towarzystwie jedynie Pikachu, wyruszając do krainy Hoenn. Nie zostaje jednak sam na długo: dołącza do niego dziesięcioletnia May, która choć nie przepada za Pokémonami, marzy o zobaczeniu świata.

Wkrótce spotykają starych i nowych towarzyszy, mierząc się z kolejnymi trenerami i wyzwaniami regionu Hoenn. Pokémon: Ruby i Sapphire to pełna przygód opowieść dla młodszych widzów o przyjaźni, rywalizacji i marzeniu, by zostać najlepszym trenerem Pokémonów.