Subaru trafia do Sanktuarium, gdzie próbuje uratować mieszkańców posiadłości i rozwiązać tajemnicę odizolowanej społeczności. Próby Echidny, ataki nowych przeciwników oraz powracająca śmierć zmuszają go do zmierzenia się z własną przeszłością i sposobem korzystania z Powrotu przez Śmierć.

Drugi sezon Re:ZERO bezpośrednio kontynuuje pierwszą serię. Rozwija historię czarownic, Emilii, Roswaala i warunków koniecznych do przełamania kolejnej tragicznej pętli.