Drugi sezon nowej adaptacji „Rurouni Kenshin” przenosi historię do Kioto, gdzie narasta zagrożenie ze strony Makoto Shishio i jego zwolenników. Kenshin opuszcza spokojniejsze życie, by zmierzyć się z przeciwnikiem wyrosłym z tych samych brutalnych realiów końca epoki samurajów. Podróż wystawia na próbę jego przysięgę nieodbierania życia, relacje z przyjaciółmi oraz odpowiedzialność za przeszłość. Sezon rozwija konflikt polityczny i osobisty, łącząc pojedynki mieczników z pytaniem o miejsce dawnych wojowników w nowej Japonii.