W odleglej przyszlosci przeludniona Ziemia zmusza ludzkosc do poszukiwania nowych planet do skolonizowania. Gdy statek Mesopotamia ulega awarii, przy zyciu pozostaje jedynie szesciu mezczyzn, ktorzy docieraja na przypominajaca Ziemie planete Terra II.

Poniewaz wsrod ocalalych nie ma ani jednej kobiety, spolecznosc rozwija sie w oparciu o androidy zwane marionetkami. Gdy jedna z nich, Lime, zyskuje prawdziwe emocje, zycie mlodego Otaru zmienia sie na zawsze. Saber Marionette J laczy komedie, akcje i cieplo w opowiesci o tym, co czyni istote czlowiekiem.