Sakura przybywa do stolicy z marzeniem, by — tak jak niegdyś jej ojciec — bronić miasta przed demonicznymi siłami Rady Czarnego Sanktuarium. Rzeczywistość okazuje się jednak inna, niż sobie wyobrażała: swoją wielką duchową energią ma zasilać bojową maszynę zwaną Kobu.

Co więcej, oddział obrończyń działa pod przykrywką rewii teatralnej. Sakura Taisen to barwna opowieść łącząca mecha, dramat i romans w stylizowanej, retrofuturystycznej scenerii Cesarstwa, w której walka o los stolicy splata się z relacjami między dzielnymi wojowniczkami.