Fuu pracuje w herbaciarni, gdy spotyka dwóch skrajnie różnych wojowników: impulsywnego Mugena i zdyscyplinowanego Jina. Po serii wydarzeń przekonuje ich, aby towarzyszyli jej w podróży przez Japonię epoki Edo. Celem jest odnalezienie tajemniczego samuraja pachnącego słonecznikami. Samurai Champloo łączy historyczną przygodę, widowiskowe pojedynki, swobodny humor oraz muzykę i estetykę inspirowaną hip-hopem.