Makoto Itou, nieśmiały licealista, z pomocą koleżanki Sekai próbuje zbliżyć się do Kotonohy, dziewczyny, w której skrycie się podkochuje. To, co zaczyna się jako niewinna szkolna historia miłosna, stopniowo przeradza się jednak w coraz bardziej gmatwający się splot uczuć, w którym niezdecydowanie bohatera prowadzi do bolesnych konsekwencji.

School Days to obyczajowy dramat romantyczny, który świadomie wywraca konwencję lekkiej szkolnej opowieści, prowadząc fabułę ku znacznie mroczniejszym, tragicznym tonom. Serial z niepokojącą wnikliwością pokazuje, jak nieuczciwość i brak odpowiedzialności w relacjach potrafią zniszczyć życie wszystkich zaangażowanych.