Keroro to żabopodobny kosmita wysłany ze swojej planety z misją podboju Ziemi. Gdy jego przykrywka zostaje zdemaskowana, batalion porzuca go, a on sam ląduje w domu rodziny Hinata, gdzie zostaje zmuszony do wykonywania obowiązków domowych i sypiania w ciemnej piwnicy.

W wolnych chwilach Keroro z zapałem skleja modele Gundamów i marzy o odnalezieniu swoich rozproszonych podwładnych. Keroro Gunso to szalona, pełna parodystycznego humoru komedia science fiction o niezdarnej inwazji kosmitów, która raz po raz kończy się absurdalnymi perypetiami.