Shuuji i Chise są uczniami trzeciej klasy liceum w Hokkaido. Nieśmiała Chise wreszcie wyznaje Shuujiemu uczucia i para niezdarnie zaczyna budować swój związek. Pewnego dnia, podczas nagłego nalotu na Sapporo, Shuuji dostrzega scenę, której nie zdoła zapomnieć do końca życia.

Okazuje się, że łagodna Chise została przemieniona w ostateczną broń — żywe narzędzie zagłady. Saishuu Heiki Kanojo to przejmujący, tragiczny dramat wojenny i romansowy o miłości wystawionej na próbę w obliczu wojny, cierpieniu i człowieczeństwie ginącym pod ciężarem przeznaczenia.