Shuffle! Memories powraca do wydarzeń znanej szkolnej opowieści, w której świat ludzi współistnieje ze światami bogów i demonów, a przystojny Rin otoczony jest gronem zakochanych w nim dziewcząt, w tym księżniczkami obu nadprzyrodzonych krain. Kolejne odcinki przypominają i pogłębiają wątki poszczególnych bohaterek oraz ich uczuć.

Shuffle! Memories to lekka komedia romantyczna z domieszką fanserwisu, stanowiąca swoiste podsumowanie i uzupełnienie oryginalnej serii. Skupiając się na poszczególnych bohaterkach, serial łączy pogodny humor i wątki uczuciowe z okazjonalnymi, poważniejszymi tonami, tworząc sentymentalną rozrywkę dla fanów pierwowzoru.