Rintarou Okabe nie potrafi pogodzić się z porażką, która odebrała mu Kurisu, dlatego porzuca dawną rolę szalonego naukowca. Spotkanie z systemem sztucznej inteligencji odtwarzającym jej osobowość ponownie wciąga go w konflikt między liniami świata. Historia opowiada o żałobie, odpowiedzialności i desperackiej próbie uniknięcia katastrofalnej przyszłości.