Ziemia zbudowała system obrony przed wielkimi meteorytami zmierzającymi ku niej na kursie kolizyjnym. Pierwszą linię obrony stanowią Comet Blasters, stacjonujący na stacjach kosmicznych i niszczący zagrożenia głowicami nuklearnymi, drugą zaś Meteor Sweepers, startujący z naziemnych baz.

To właśnie do grona pilotek Meteor Sweepers dąży grupka młodych dziewcząt szkolących się na wyspie Shimoji. Stratos 4 to lekka, pełna humoru i lotniczej akcji opowieść science fiction o przyjaźni, marzeniach i drodze do zostania pilotem broniącym Ziemi przed kosmicznym zagrożeniem.