Sora Hashiba po upadku z okna na czwartym piętrze budzi się bez wspomnień. Gdy do jego szkoły przybywa nowy współlokator, Sunao Fujimori, chłopak zaczyna odkrywać, że w przeszłości łączyło ich coś więcej, niż mógłby przypuszczać. Obaj skrywają w sobie drugie osobowości — Yoru i Ran — które w tajemnicy darzą się głębokim uczuciem.

To, co ich odmienne wcielenia wyprawiają nocą, początkowo krępuje i wprawia w zakłopotanie zarówno Sorę, jak i Sunao, jednak z czasem obaj sami zaczynają się do siebie zbliżać. Sukisho to romantyczna opowieść boys love, w której rozwikływanie tajemnic wspólnego dzieciństwa splata się z odkrywaniem prawdziwych emocji.