Tatsuya i Miyuki rozpoczynają kolejny rok w szkole magii, lecz polityczne napięcia oraz eksperymenty zagrażają jej uczniom. Nowe konflikty wymagają połączenia technologii, strategii i wyjątkowych zdolności rodzeństwa. Trzeci sezon rozwija spory między rodami, tajne operacje i konsekwencje traktowania magów jako narzędzi państwa.