W świecie, w którym toczy się ukryta wojna, wyjątkowe osoby zwane Qwaserami potrafią władać wybranym pierwiastkiem. Tajemniczy Aleksander, panujący nad żelazem, pojawia się w prawosławnej szkole, gdzie wkrótce splata się z losami dwóch dziewcząt, wciąganych w brutalny konflikt między frakcjami obdarzonych mocą.

Seikon no Qwaser to mroczna akcja z wyraźnym, kontrowersyjnym wątkiem ecchi, w której efektowne, krwawe pojedynki mieszają się z religijną symboliką i tajemnicami przeszłości bohaterów. Serial nie stroni od brutalności ani prowokacji, budując gęstą, pełną intryg atmosferę toczącej się w cieniu wojny.