W odległej przyszłości powszechnie wiadomo, że wilki wymarły dwieście lat temu — to jednak nieprawda. Wilki nie zniknęły, lecz przybrały ludzką postać i żyją ukryte wśród ludzi. Kiba, samotny wilk, przybywa do miasta, tropiąc zapach Księżycowych Kwiatów, które mają prowadzić do raju.

Źródłem woni jest Cheza — dziewczyna śpiąca w tajemniczym kokonie. Wokół niej zbiera się wataha wilków, a ich wędrówka ku obiecanemu rajowi staje się osią tej melancholijnej podróży. Wolf’s Rain studia Bones to nastrojowa, poetycka opowieść o nadziei, przeznaczeniu i tęsknocie za lepszym światem.