Akademia Pojedynków to jedna z najbardziej prestiżowych szkół w historii Duel Monsters, gdzie uczniowie zgłębiają tajniki gry karcianej. Trafia tam Judai Yuki — pełen zapału nowicjusz, który ma tylko jeden cel: zostać kolejnym Królem Gier.

W murach akademii Judai poznaje przyjaciół, nauczycieli i rywali, a przydział do jednego z trzech domów — Slifer Red, Ra Yellow czy Obelisk Blue — wyznacza jego pozycję wśród duelistów. Osadzony w świecie stworzonym przez Kazukiego Takahashiego spin-off przenosi rozgrywkę karcianą do szkolnego kampusu, łącząc pojedynki z humorem i przygodą.