Misaka Mikoto odkrywa, że jej DNA posłużyło do stworzenia tysięcy klonów wykorzystywanych w brutalnym eksperymencie. Zdeterminowana, by zakończyć projekt, rzuca wyzwanie najpotężniejszemu esperowi Akademii. Równolegle mierzy się z nowymi zagrożeniami i uczy, że samotna walka nie zawsze jest jedynym sposobem ochrony bliskich.