Misaka Mikoto jest jedną z najpotężniejszych esperek Akademii, lecz woli zwyczajne życie u boku przyjaciółek. Seria tajemniczych incydentów prowadzi ją do śledztwa dotyczącego eksperymentów i przestępców wykorzystujących naukę. Dynamiczne starcia splatają się z codziennością uczennic oraz pytaniem, kto naprawdę kontroluje technologiczne miasto.