Agencja Detektywistyczna pozostaje oskarżona o terroryzm, a jej członkowie próbują udowodnić niewinność i powstrzymać plan Decay of the Angel. Atsushi oraz jego sojusznicy działają w coraz trudniejszych warunkach, gdy przeciwnicy kontrolują opinię publiczną i potężne zdolności.

Piąty sezon Bungo Stray Dogs bezpośrednio kontynuuje wydarzenia czwartej serii. Konflikt prowadzi do kolejnych pojedynków strategicznych i decyzji, od których zależy przyszłość Jokohamy.