W niedalekiej przyszłości cały świat łączy potężna sieć Comnet, spinająca komputery w jeden globalny system zarządzany przez zaawansowaną sztuczną inteligencję. Gdy część programów grozi wymknięciem się spod kontroli, jedyną nadzieją okazuje się Yui Kasuga — zwyczajna dziewczynka, która wcale nie zna się na komputerach.

Wybrana przez tajemniczy program Corrector, Yui wkracza do wnętrza sieci, by wspólnie z cyfrowymi sprzymierzeńcami ratować oba światy. Corrector Yui to barwna opowieść magical girl dla młodszych widzów, w której przygoda w cyberprzestrzeni splata się z przyjaźnią, odwagą i dorastaniem.