Królestwo Nauki przygotowuje wyprawę przez ocean, aby odnaleźć źródło zjawiska, które skamieniło ludzkość. Senku, Ryusui i ich towarzysze budują statek Perseus oraz kompletują załogę posiadającą niezbędne umiejętności. Podróż prowadzi na Wyspę Skarbów, gdzie spotykają społeczność związaną z przeszłością astronautów i urządzeniem petryfikującym. Nauka ponownie staje się najważniejszą bronią w walce z przeciwnikami kontrolującymi technologię zdolną zamieniać ludzi w kamień.