Wojna o Świętego Graala przybiera coraz brutalniejszy obrót. Shirou Emiya trwa przy Sakurze Matou, choć odkrywana prawda o jej związku z konfliktem wystawia na próbę jego ideały. Cień pochłaniający mieszkańców Fuyuki rośnie w siłę, a kolejni uczestnicy wojny zmuszeni są do desperackich decyzji.

Heaven’s Feel II. lost butterfly jest drugim filmem trylogii i bezpośrednio kontynuuje presage flower. Skupia się na relacji Shirou i Sakury oraz mroczniejszej stronie wojny.