Po otwarciu Bramy japońskie Siły Samoobrony nadal działają w Specjalnym Regionie, gdzie polityka imperium, lokalne konflikty i interesy współczesnych państw coraz mocniej się splatają. Youji Itami oraz jego towarzysze próbują zapobiec wojnie i chronić cywilów.

Gate 2 jest bezpośrednią kontynuacją pierwszej serii. Rozwija konflikt z księciem Zorzalem i łączy wojskową akcję z polityką oraz fantastyką.