Akademia Kanenone była odizolowaną od świata górami męską szkołą z internatem, w której przeciętny jedenastoklasista Yusuke Takasaki wiódł spokojne życie. Wszystko zmienia się, gdy placówka ogłasza próbę przejścia na koedukację i na letni semestr przybywa grupa uczennic.

Nagłe pojawienie się dziewcząt wywraca do góry nogami dotychczasowy, wyłącznie męski porządek, a jedna z nowo przybyłych zdaje się łączyć z Yusuke tajemnicza więź z przeszłości. Green Green to pełna humoru i mocnego ecchi komedia romantyczna o zderzeniu dwóch światów i szkolnym, letnim zauroczeniu.