Wygrawszy w konkursie legendarne postacie Kite i Black Rose, rodzeństwo bliźniąt — Shugo i Rena — wkracza do popularnej gry MMORPG zwanej The World. Wspólnie z nowo poznanymi przyjaciółmi przemierzają wirtualne krainy, wykonując zadania i wydarzenia.

Wkrótce jednak w grze pojawiają się tajemnicze potwory, a śmierć z ich rąk wtrąca graczy w śpiączkę w prawdziwym świecie. .hack//Legend of the Twilight to lekka, przygodowa opowieść science fiction rozgrywająca się w świecie gry sieciowej, w której zabawa niebezpiecznie zaciera się z rzeczywistością.