Wraz z nadejściem wiosny w prestiżowej Akademii Lillian dla dziewcząt rozpoczyna się nowy semestr. Przyjaciółki znów są razem, jednak dla Rady Yamayuri to gorzko-słodki czas — Yoko, Eriko i Sei szykują się do opuszczenia szkoły, a ich młodsze siostry pragną zapewnić im niezapomniane pożegnanie.

Odejście Sei zostawi sporą wyrwę w gronie Białych Róż, a znalezienie następczyni nie będzie łatwe. Drugi sezon Maria-sama ga Miteru kontynuuje subtelną, pełną elegancji opowieść o siostrzanych więziach, przyjaźni i emocjach dojrzewania w murach katolickiej szkoły dla dziewcząt.